摩尔庄园的主线与支线任务在设定上通过任务性质、触发条件及奖励机制进行明确区分。主线任务通常以剧情推进为核心，强制引导玩家解锁新区域或功能，例如初期需完成杰西向导的系列任务才能开启自动寻路功能；支线任务则围绕NPC互动、资源收集或小游戏展开，如提升居民好感度或参与节日活动，玩家可自主选择完成顺序。两者在任务面板中分别标注，主线任务常伴随红色感叹号标识，支线任务多为黄色问号。
主线任务具有线性叙事特征，其进度直接影响游戏核心玩法解锁。例如修理禽舍、畜舍的任务链属于主线，完成后才能开启养殖系统；而支线任务如收集黑白浆果或完成钓鱼挑战，仅提供额外资源奖励。主线任务通常要求玩家达到特定等级或完成前置剧情，支线任务则无严格等级限制，部分隐藏支线需在特定时间或天气条件下触发，如雨天捕捉河童或夜晚采摘白色浆果。
从奖励设计来看，主线任务侧重基础资源与功能开放，如解锁SMC职业、获得初级农具等；支线任务奖励多为装饰道具、稀有材料或特殊称号。每日任务和成长任务虽独立于主支线体系，但常与支线任务联动，例如通过送礼提升NPC好感度既可完成日常任务，也能推进支线剧情。部分支线任务如鲸鱼上天或白白鲸喷泉需要多步骤解谜，其复杂度可能超过主线任务。
主线任务多为单人剧情体验，而支线任务常包含组队要求，例如邻居系统需双方好友数达标才能共同经营农场。支线任务中的隐藏内容如七大不可思议或灵兽收养事件，需玩家通过社区交流获取线索，这种设计强化了支线任务的探索性与社交属性。
开发者在任务引导机制上做了差异化处理。主线任务强制引导玩家使用自动寻路功能，支线任务则仅提供大致方位提示，部分解谜类支线甚至完全隐藏提示。这种设计既保证新手玩家能快速理解核心玩法，又为进阶玩家保留自由探索空间。任务追踪面板中，主线任务始终置顶显示，支线任务可按类型筛选查看。
