副本挑战是玩家获取资源、提升战力的重要途径。针对不同类型的副本，需要合理搭配忍者阵容才能高效通关。普通副本难度较低，建议选择高输出型忍者快速清场，如宇智波鼬、宇智波佐助等，他们的范围伤害技能可以有效应对小怪群。精英副本对生存能力要求更高，推荐加入防御型忍者如漩涡鸣人、旗木卡卡西，同时搭配辅助型角色如春野樱提供治疗支持。
挑战副本作为最高难度模式，需要兼顾输出、控制和生存能力。控制型忍者如宇智波鼬的月读技能能有效限制敌人行动，为团队创造输出空间。同时建议携带拥有霸体效果的忍者，避免被连续控制。特殊副本如忍界大战团本需要团队协作，各小队应明确分工，1-4号小队分别负责对应BOSS关卡，避免干扰其他队伍进度。战力建议达到700万以上，金角尾兽化阶段需多次挑战才能通过。
忍者培养方面，优先升级主力输出角色的技能等级和装备强化。通过日常任务、活动获取忍者碎片进行升星，激活羁绊效果可显著提升队伍整体实力。治疗型忍者在持久战中至关重要，如天天、春野樱能保证队伍续航能力。注意合理分配资源，避免过度集中培养单一角色导致阵容失衡。
副本通用技巧包括掌握聚怪方法提升清怪效率，观察BOSS技能前摇及时躲避关键伤害。奥义技能释放时的无敌帧可用来规避致命攻击。通灵兽和秘卷的选择应根据副本特性调整，治疗型通灵兽适合高难度本，而输出型秘卷能加速普通本通关。每日记得完成三次体力购买，优先扫荡精英副本中的A忍和B忍碎片关卡。
战力不足时可通过装备强化、天赋升级等途径提升。注意副本三星条件通常包括剩余时间、不使用药水等要求，需在保证生存的前提下提高输出效率。组织玩法中的祈福、晓组织任务也能提供额外资源支持副本挑战。随着版本更新，建议关注新忍者的副本适用性，及时调整阵容策略。
